Родился 11 января 1972 в городе Ленинграде. Когда ему было три дня, в больнице отключили отопление, и маленький Костик схватил воспаление легких.
С 7 до 11 лет Костя прожил в северном городе Нижневартовск. Потом семья Хабенских вновь вернулась в Ленинград.
В детстве актёр хотел стать моряком или космонавтом. Какое-то время — отшельником.
Самое яркое впечатление юных лет — чудесное спасение от падения в канализационный люк. Любопытный Костя не смог пройти мимо открытого люка, поскользнулся и повис на его краю в состоянии панического страха. К счастью, вовремя подоспела мама шалуна и вытащила его оттуда.
По окончании 8-го класса Хабенский поступил в техникум авиационного приборостроения и автоматики. К счастью, актёр понял, что хочет в жизни заниматься чем-то другим, и на третьем курсе бросил учёбу.
Во время поисков своего призвания приходилось всеми возможными способами зарабатывать себе на жизнь. И Хабенский работал полотёром, дворником, уличным музыкантом (играл на Невском), монтировщиком в театре-студии «Суббота». И именно будучи монтировщиком, начал выходить в массовках. Тут-то он и понял, что надо пробоваться в актёры.
В 1990 году Константин поступил в Ленинградский Государственный Институт Театра, Музыки и Кинематографии (ЛГИТМиК), в мастерскую прекрасного преподавателя В. М. Фильштинского.
В театре начинал «театральным горошком» — работал гарниром в массовке. Ещё это называется «люди в чёрном».
Первые приглашения Хабенского на съёмки в кино произошли очень странно и неожиданно. Например, Алексей Юрьевич Герман увидел дипломный спектакль «В ожидании Годо», в котором были задействованы Константин Хабенский и Михаил Трухин… и недолго думая пригласил их к себе на съёмки фильма «Хрусталёв, машину!». Более того, Герман придумал для юных актёров отдельный эпизод, где Хабенский плачет, а Трухин смеется.
Роль в картине венгерского режиссёра Томаша Тота «Наташа» тоже досталась актёру необычным образом: «Мы поговорили, — вспоминает Константин о встрече с режиссёром, — тот спросил: «Будешь сниматься?» — я сказал: «Буду!» Потом выпили водки. Так началась работа в кино».