События разворачиваются в альтернативной вселенной. Здесь все почти также, как и в нашем мире, за исключением того факта, что Япония не провела приватизацию железных дорог. Главный герой Такаяма Наохито обычный ученик старшей школы. Пределом его мечтаний является стандартное: престижная работа на японских национальных железных дорогах и обеспеченное в связи с этим будущее. Чтобы реализовать мечту, Наохито устраивается стажером в железнодорожную службу безопасности. А там выясняется, что в службе работают в основном симпатичные девушки, некоторые из них ненавидят мужчин такие как например девица по имени Сакураи, а на горизонте медленно высовывает свой нос группа экстремистов, зовущих себя «RJ» и лелеющих замысел все-таки поделить и приватизировать несчастные японские железные дороги.
В княжестве Совилль, притаившемся в центре альтернативной Европы 20-х годов, царит затишье после Первой мировой. Простые люди зарабатывают на хлеб, элита ищет развлечений, а в широко известной академии Св. Маргариты обучаются отпрыски знатных фамилий. Именно в эту школу из союзной Японии переводится Кадзуя Кудзё, младший сын из семьи потомственных военных. От местных учеников, склонных к мистицизму и суевериям, черноглазый пришелец сразу же получает прозвище «ангел смерти» и статус отверженного. Пытаясь развеять грусть-тоску, в огромной башне школьной библиотеки Кадзуя внезапно встречает очаровательную девочку с золотыми волосами в костюме «готической лолиты». Удивительно, но новая знакомая уже давно его ждала!Как оказалось, Викторика, внебрачная дочь местного аристократа, фактически заточена в академии как в золотой клетке. Единственным развлечением для ее острого ума были визиты сводного брата Гревиля де Блуа, от нечего делать пошедшего в полицию и с помощью девочки прослывшего чуть ли не гением. Но с появлением Кадзуи обстоятельства изменились. Викторика почувствовала вкус свободы и радость от возможности лично распутывать криминальные головоломки. Теперь против нового великого детектива и ее верного спутника бессильны любые ухищрения одиночек и тайных обществ, в какие бы одежды они ни рядились!
Действие сериала и манги происходит в мире альтернативного средневековья. В этом мире люди сосуществуют с оборотнями ёма, питающимися человеческим мясом. Принимая облик своих жертв, ёма могут скрываться среди людей. Кроме того, съев мозг человека, чудовище может завладеть его воспоминаниями, становясь, таким образом, практически неотличимым от него. С целью борьбы с ёма безымянная тайная Организация создала орден могучих воинов, получивших прозвище «клеймор» из-за своих огромных двуручных мечей. Процесс создания клеймор подразумевает введение в человеческий организм крови и плоти ёма. В результате на свет появляются полулюди-полумонстры, которые сильнее и зачастую умнее чистокровных ёма. Эти полукровки способны чувствовать ёма, принявшего человеческое обличье. Город, чье население страдает от набегов ёма, может направить запрос в Организацию с просьбой убить монстров, орудующих на его территории. Приняв запрос, Организация посылает туда клеймор, и в случае успешного убийства ёма представитель Организации забирает у горожан плату.Каждая клеймор приобретает способность использовать ёки силу, используемую ёма для превращений и прочих сверхъестественных действий. Используя силу ёма, клеймор постепенно утрачивает свою человеческую природу и может превратиться в чудовище страшнее любого обычного ёма. Этот процесс называется Пробуждением. Как правило, клеймор предпочитает смерть Пробуждению; для этого она посылает одной из своих соратниц так называемую Чёрную Карту просьбу об умерщвлении. Если же клеймор пробуждается, она теряет последние остатки человечности и превращается в хищника, обладающего разумом, но желающего только убивать.
Итоу Кайдзи безработный бездельник. Он лишь пьет дешевый алкоголь и играет в азартные игры, причем не очень-то удачно. Однажды к нему приходит человек, который заявляет, что Кайдзи задолжал почти 4 млн. йен и отрабатывать такой долг ему придется не меньше 11 лет. Однако у Кайдзи есть альтернатива: можно стать пассажиром Корабля Надежды, где у него появится шанс отыграться, но плата за проигрыш будет высока. Выбора у героя, по сути, не остается